Видео: Какво е индексен файл BAM?
2024 Автор: Lynn Donovan | [email protected]. Последно модифициран: 2023-12-15 23:43
А BAM файл (. бам ) е двоичната версия на SAM файл . SAM файл (. sam) е текст, разделен с табулатори файл който съдържа данни за подравняване на последователността. Индексиране : IGV изисква както SAM, така и BAM файлове да бъдат сортирани по позиция и индексиран , и че индексни файлове следват специфична конвенция за именуване.
По същия начин хората питат как да отворя BAM файл?
От Файл меню изберете Отвори и изберете BAM файлове от лявата страна. Изберете бутон вдясно, който казва Добавяне на BAM файл . Навигирайте до BAM Тест Файлове папката, която сте изтеглили, изберете with_index_with_graph. Щракнете върху Отвори , изберете карта.
Второ, как да конвертирам BAM файл в Fastq? По-долу са стъпките за конвертиране на BAM файл във формат FASTQ. Това ще работи на Linux и ще изисква SAMTOOLS и BEEDTOOLS
- Изтеглете SAMTOOLS.
- Извличане с помощта на команда tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Той ще създаде папка с името samtools-version.
- Преместете се в директорията cd samtools-version.
По същия начин, как да конвертирам BAM файл в SAM файл?
Да се конвертирайте SAM да се BAM , използваме командата samtools view. Трябва да уточним, че нашият вход е в SAM формат (по подразбиране очаква BAM ) с помощта на опцията -S. Трябва също да кажем, че искаме изходът да бъде BAM (по подразбиране произвежда BAM ) с опцията -b.
Какво прави изгледът Samtools?
Samtools е набор от помощни програми, които манипулират подравняването във формат BAM. Той импортира от и експортира във формат SAM (Последователно подравняване/карта), прави сортиране, сливане и индексиране и позволява бързо извличане на показания във всички региони. Samtools е проектиран да работи в поток.
Препоръчано:
Как да създам индексен скрипт в SQL Server?
Инструкция на SQL Server CREATE INDEX Първо посочете името на индекса след клаузата CREATE NONCLUSTERED INDEX. Имайте предвид, че ключовата дума NONCLUSTERED не е задължителна. Второ, посочете името на таблицата, върху която искате да създадете индекса, и списък с колони на тази таблица като колони с ключ на индекса
TIFF файл векторен файл ли е?
TIF – (или TIFF) означава Tagged Image File Format и е голям растерен файл. TIF файлът се използва основно за изображения при печат, тъй като файлът не губи информация или качество, както прави JPEG. Това е векторен файл, който може да съдържа както текст, така и графики и илюстрации
Как да изпратя ZIP файл като прикачен файл?
От вашия работен плот щракнете с десния бутон върху празно място и изберете Нов > Компресирана (компресирана) папка. Наименувайте ZIP файла както искате. Това име ще се вижда, когато изпратите ZIP файла като прикачен файл. Плъзнете и пуснете файловете и/или папките, които искате да включите в ZIP файла
Каква е целта на разделителите в името на текстов файл два общи разделители на текстов файл?
Текстов файл с разделители е текстов файл, използван за съхранение на данни, в който всеки ред представлява една книга, компания или друго нещо и всеки ред има полета, разделени от разделителя
Какво е файл за транзакция и главен файл?
Определение на: файл за транзакция. транзакционен файл. Колекция от записи за транзакции. Файловете за транзакции с данни се използват за актуализиране на главните файлове, които съдържат данните за субектите на организацията (клиенти, служители, доставчици и др.)